Linux的多样性提高了相互的不兼容性，它将大大影响Linux应用软件的开发。软件销售商们对Linux当前的状态颇有微词。 　　对软件商来说，有三种方法构建一个运行在多种Linux上的应用程序，但是目前为止还没有哪种方法可以实现预期的目标。第一种是针对每种Linux分别编写软件，但它需要在各自的Linux上分别测试。第二种是只为那些用户最多的版本编写，但无论选择了哪种，都会失去部分的潜在客户。第三种是忽略各个版本之间的区别，而推出可以在所有系统上使用的产品，那么它将需要所有必需的库文件和工具，这项工作简直有些天方夜谭。 　　从上述分析看来，运行在Linux上的商业软件之所以这么少的首要原因就是缺少统一的移植标准。它几乎阻碍了开放源码软件的发展进程。 　　有人在两年前就分析了Linux的商业开发商所面临的困难，并且专门在Linux标准库（LSB）网站上讨论这个问题。但是尽管使用Linux的人数在不断增加，这种局面并没有多少改善。